Một phần của nền văn minh con người đã bị nuốt chửng bởi biển khi mực nước biển tăng đột biến mà không rõ nguyên nhân. Ikaruga Natsuki, cậu bé mồ côi mẹ và mất chân trong tai nạn, quay trở lại quê nhà sau bao năm sống khổ sở ở thành phố lớn. Nhưng khi về đến nơi, cậu chỉ thấy căn nhà cũ đã bị ngập nửa trong nước. Cậu không còn ai thân, chỉ có chiếc tàu và tàu ngầm do bà để lại, và cả đống nợ phải trả.Cơ hội duy nhất để cậu lấy lại ước mơ về tương lai là đi theo lời mời của Catherine – kẻ thu nợ khó tin. Họ cùng nhau đi tìm kho báu trong phòng thí nghiệm dưới biển của bà Natsuki, nơi có tin đồn rằng bà đã giấu điều gì đó quý giá. Nhưng khi đến nơi, họ không thấy tiền bạc hay đá quý; họ chỉ thấy một cô gái kỳ lạ đang ngủ say trong quan tài. Tên cô là Atri.Atri là một người máy, nhưng cô có vẻ ngoài và cảm xúc như một con người thật. Cô biết ơn Natsuki vì đã giải thoát cô khỏi quan tài, và nói với cậu:“Em muốn hoàn thành ý nguyện cuối cùng của chủ nhân. Cho đến khi anh qua đời, em sẽ là chân của anh!”Trong thị trấn nhỏ dần chìm trong biển, một mùa hè đáng nhớ sắp diễn ra với cậu bé và cô gái người máy bí ẩn …
